在Spring Boot中使用多个数据库的配置方法有以下几种：
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使用多个数据源配置：可以在application.properties文件中配置多个数据源的连接参数，并使用@Configuration和@Bean注解创建对应的DataSource和JdbcTemplate bean。然后可以在需要使用的地方使用@Qualifier注解选择对应的数据源。
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使用多个JdbcTemplate配置：可以在application.properties文件中配置多个数据源的连接参数，并使用@Configuration和@Bean注解创建对应的DataSource和JdbcTemplate bean，分别为每个数据源创建不同的JdbcTemplate实例。然后可以在需要使用的地方使用@Autowired注解注入对应的JdbcTemplate。
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使用Spring Data JPA的多数据源配置：可以在application.properties文件中配置多个数据源的连接参数，并使用@Configuration和@EnableJpaRepositories注解创建对应的EntityManagerFactory和TransactionManager。然后可以在需要使用的地方使用@PersistenceContext注解注入对应的EntityManager。
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使用第三方库：还可以使用第三方库来实现多数据源配置，比如HikariCP、Druid等。这些库提供了更强大和灵活的配置选项，可以满足更复杂的多数据源需求。
需要注意的是，无论使用哪种方法，都需要在application.properties文件中配置对应的数据源连接参数，并将相应的依赖添加到pom.xml文件中。
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