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MySQL数据库文件主要有以下几种存储引擎：
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InnoDB：这是MySQL的默认存储引擎，提供了事务支持、行级锁定和外键约束等功能。InnoDB使用聚簇索引，数据文件通常包含主键和数据行。
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MyISAM：这是一个速度较快且占用资源较低的存储引擎，但不支持事务和行级锁定。MyISAM使用非聚簇索引，数据文件和索引文件是分开的。
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Memory：这个存储引擎将所有数据存储在内存中，因此读写速度非常快。但是，由于内存限制，它不能存储大量数据，且重启后数据会丢失。
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Aria, TokuDB, RocksDB, MyRocks等：这些是第三方开发的存储引擎，具有不同的特性和优势。例如，TokuDB使用了一种名为“分片”的技术来提高性能，而RocksDB则是一个基于LevelDB的嵌入式键值存储库。
请注意，MySQL 8.0版本后，InnoDB成为默认的存储引擎。在实际应用中，可以根据需求选择合适的存储引擎。
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