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在Linux系统上，MySQL通过使用线程池来处理高并发连接。当一个新的客户端连接请求到达时，MySQL会从线程池中获取一个空闲的线程来处理该连接。这样可以避免频繁地创建和销毁线程，提高系统的性能和稳定性。
另外，MySQL还提供了一些配置参数来优化处理高并发连接的性能，比如max_connections参数用于限制系统最大连接数，以避免资源耗尽。另外，可以使用线程缓存和连接池等技术来进一步提高系统的并发处理能力。
总的来说，Linux系统上的MySQL通过线程池和一些优化配置参数来处理高并发连接，保证系统的稳定性和性能。
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