界面设计理念与用户习惯冲突
Ubuntu的界面设计哲学强调“简洁与直观”，但这种极简风格可能不符合部分用户的预期。例如，默认的GNOME桌面环境采用“三栏式”布局（顶部菜单栏、左侧启动器栏、右侧工作区），虽旨在提升效率，但新手可能需要时间适应这种布局，尤其是从Windows等传统桌面系统转来的用户，会觉得操作逻辑不够直观。此外，GNOME 3的“全局菜单”（将窗口标题栏与顶部栏合并）和“HUD搜索”（左上角快速搜索应用及功能）等功能，虽被开发者认为是“高效创新”，但不少用户认为这些设计增加了操作复杂度，偏离了“开箱即用”的易用性目标。
桌面环境与功能争议
Ubuntu曾因强制使用Unity桌面环境引发用户不满。Unity是Ubuntu自行开发的桌面环境，定位为“面向开发人员的极客工具”，其设计（如左侧固定任务栏、全局菜单）更符合开发者的使用习惯，而非普通用户的日常需求。相比之下，许多用户更倾向于传统的GNOME 2（或其衍生版本MATE），认为其界面更直观、功能更符合常规使用逻辑。此外，GNOME 3的“平板化”设计（如忽略键盘和鼠标的交互优化）也让PC用户感到不适，甚至被Linux之父林纳斯·托瓦兹批评为“搞得一团糟”。
Snap包与系统管理问题
Ubuntu强制将Snap包机制集成到apt包管理器中，导致用户无法轻易选择传统的.deb包安装方式。Snap包的自动更新机制虽然提升了安全性，但也带来了兼容性问题（如部分旧软件无法正常运行）和性能开销（启动速度较慢）。此外，Snap包的安装体积较大，占用了更多磁盘空间，这让不少用户感到不满，认为这种“一刀切”的做法牺牲了用户体验。
视觉与兼容性细节缺陷
Ubuntu的界面在视觉一致性和兼容性上仍有不足。例如，Ubuntu 25.04版本中，Yaru主题对GTK4应用（如Nautilus文件管理器、Text Editor文本编辑器）和GTK3应用（如Terminal终端）的窗口控制按钮（最小化、最大化、关闭）设置了不同尺寸，导致GTK4应用的按钮点击区域较小，影响了操作体验。此外，显卡驱动不兼容或未正确安装会导致界面显示不全、残缺或卡顿，而双系统环境下的配置冲突也可能影响Ubuntu界面的正常显示。
学习曲线与用户支持问题
对于完全没有Linux使用经验的用户来说，Ubuntu的学习曲线较为陡峭。例如，命令行操作是Linux系统管理的重要部分，新手需要掌握基本的命令（如sudo、apt）才能完成软件安装、系统配置等任务，这对非技术用户来说是一个门槛。此外，虽然Ubuntu拥有活跃的社区，但用户有时无法及时获得针对性的帮助，尤其是在解决具体问题时，需要花费大量时间查找解决方案。