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数据库总表 ibdata1 文件占用空间过大是一种常见的数据库性能问题，通常是由于长时间的数据积累和表空间管理不当引起的。为了解决这个问题，可以采取以下措施：
1. 停止所有访问数据库的服务：
shell
service mysql stop
2. 导出数据文件：
shell
mysqldump -u root -p dbname | gzip \u003e dbname.sql.gz
或者不压缩：
shell
mysqldump -u root -p dbname \u003e dbname.sql
3. 修改 MySQL 配置：
shell
vi /etc/mysql/my.cnf
在 [mysqld] 段落下添加一行：
innodb_file_per_table
然后删除数据库所在路径中的 ibdata1 及两个 log 文件。
4. 重新启动数据库：
shell
service mysql start
5. 检查配置是否生效：
sql
show variables like '%per_table%';
如果输出结果为 ON，则说明配置已经修改成功。
6. 导入原来的数据：
sql
source dbname.sql
或者不登录 MySQL 执行：
shell
mysqldump -uroot -p dbname | mysql -uroot -p
通过以上步骤，可以将数据库表数据分散存储在各个表的文件中，而不是集中在 ibdata1 文件中。这有助于减少 ibdata1 文件的大小，并提高数据库的性能。
需要注意的是，在进行这些操作之前，务必备份数据库，以防止数据丢失。此外，如果数据库大小确实过大，可能需要考虑升级硬件或者优化数据库设计。