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在Windows 2003服务器上，使用PHP 5.2.4和MySQL 5.0.27时，如果遇到大量查询导致性能问题，可能是因为MySQL的临时文件目录权限不足导致的。本文将介绍一种安全有效的方法来解决这个问题。
首先，我们需要在MySQL的配置文件my.ini中添加一行配置来指定临时文件目录。在[mysqld]部分添加如下行：
ini
tmpdir = 'd:/mysql/temp/'
然后，我们需要重新启动MySQL服务以使该配置生效。
接下来，我们需要在McAfee VirusScan控制台中排除对这个临时文件目录的扫描，以避免扫描临时文件时产生的性能开销。以下是如何操作：
1. 打开McAfee VirusScan控制台。
2. 点击“按访问扫描程序”。
3. 选择“属性”。
4. 在“所有进程”下，找到“检测项”。
5. 点击“排除项”。
6. 添加D:\mysql\temp\作为排除目录。
7. 确保在“时间”选项中选择了“读取时”和“写入时”。
这种方法的好处是，它不会完全绕过McAfee VirusScan的扫描功能，而是选择性地排除对MySQL临时文件目录的扫描，从而在保证系统安全的同时提高了MySQL的性能。
此外，如果需要，我们还可以在MySQL服务中设置一个特定的启动用户，并为该用户授予必要的权限来访问指定的临时文件目录。
通过上述步骤，您应该能够解决在Windows 2003 + PHP 5.2.4 + MySQL 5.0.27环境中由于MySQL临时文件目录权限问题导致的性能问题。